Im Jahre 1563 ernannte Herzog Albrecht V. Eisengrein zu seinem Ratgeber und verlieh ihm die Präpositur in Moosburg. Er sandte ihn nach Rom, um den Prinzen Ernst zum Bischof von Freising zu erheben. Papst Pius V. (1566 bis 1572) verlieh Eisengrein wegen seiner zahlreichen Verdienste den Titel „Comes Palatii Lateranensis“, den er aus der Ewigen Stadt mit nach Hause brachte. 

Nach Wiederaufnahme seiner Amtstätigkeit in Ingolstadt erhielt Eisengrein 1567 von Herzog Albrecht V. die Würde eines Stiftspropstes von Altötting zugesprochen. Seelsorgerische Aufgaben und die Hebung der Marienwallfahrt waren sein Herzensanliegen. Daher widmete er sich mit ganzer Kraft der Gegenreformation und schickte zahlreiche, gegen den herrschenden Sektengeist gerichtete Rundschreiben an die umliegenden Städte Burghausen, Braunau, Schärding, Neuötting, Ried usw. Man trug ihm sogar das Bischofsamt von Laibach, Gurk und Lavant an, doch Eisengrein schlug dieses Ansinnen aus. 

Zwischen 1550 und 1560 erlebte die Wallfahrt Altötting den absoluten Tiefpunkt seit ihrem Bestehen; ja sie schien sogar vollends zu versiegen. Marien- und Heiligenverehrung, Reliquienkult, Ablasswesen und Rosenkranzgebet wurden bespöttelt. Zudem weitete sich 1562/63 die leidige Pest aus. 

Dieses Ereignis sowie ein anschließender Besuch des Landesfürsten sprachen sich überall herum und leiteten einen neuen Aufschwung der Wallfahrt nach Altötting ein, an der die Jesuiten als Seelsorger ab 1591 maßgeblichen Anteil hatten. Leider war Propst Eisengrein bei der Teufelsaustreibung wegen einer Krankheit nicht zugegen. Dennoch ließ er sich über deren Ablauf genauestens informieren. Das Protokoll zählt insgesamt 16 Augen- und Ohrenzeugen namentlich auf. Die reformatorisch Gesinnten verhöhnten deswegen Propst Eisengrein als „unflätige Rotznas zu Ingolstadt“.

In Anerkennung seiner Verdienste um den Wiederaufschwung der Wallfahrt verlieh Papst Pius V. in einem Breve (päpstlicher Erlass) vom 5. April 1571 Propst Eisengrein und allen seinen Nachfolgern im Amte das Recht zum Gebrauch der Pontifikalien Mitra, Stab und Ring. Diese Szene hat der Trostberger Bildschnitzer Joseph Kapfer (1754 bis 1828) als Medaillon im Chorgestühl der Stiftskirche verewigt. 

Propst Martin Eisengrein starb am 3. Mai 1578 im 42. Lebensjahr zu Ingolstadt und ist in der dortigen Kirche St. Moritz bestattet, wo ein Epitaph an ihn erinnert. Altötting hat ihm zu Ehren den Eisengreinplatz benannt. 

Quellen: 
Martin Eisengrein: Unser liebe Fraw zu Alten Oetting, 1571 ff.
Die Altöttinger Stiftspfarrkirche St. Philippus und Jakobus, 2010